由于我国知识产权制度的建立晚于世界上其它国家，知识产权法律知识尚未普及，人们对专利法、商标法、著作权法和反不正当竞争法等法律知识知之甚少，守法意识较差，法制观念淡薄，不少公司和企业随意侵权，甚至将其作为发财致富的门径；也有不少企业和法人不懂自我保护，上当受骗，从而蒙受重大的经济损失。我国虽然明显加大了知识产权保护的法规制度建设和管理力度，但仿冒他人技术、专利、商标、品牌现象普遍的状况并未根本改观。近年来，我国知识产权纠纷案数量呈加速上升趋势，因仿冒问题带来的技术创新市场风险在某些方面甚至比过去更大，这严重阻碍了企业自主创新的动力。特别是在原始创新和发明专利方面，企业为此投入大量人力、财力与时间，一旦被他人仿冒，要么为侵权纠纷耗尽精力，要么任人仿冒，自己则可能前功尽弃。知识产权保护风险现已成为中小型科技企业在技术创新过程中专利进步、特别是发明专利进步的重大制约因素。因此，知识产权管理是孵化器支持科技创业与创新的科技活动服务重要的部分。

知识产权管理应坚持的四个原则是：1、实行科技成果的程序化管理；2、掌握法律法规，保证合法权益； 3、树立专利意识，淡化成果概念；4、注重信息查新，避免重复研发。[1]

孵化器在知识产权管理方面应加强以下工作：

一、加强知识产权制度建设，将知识产权服务切实纳入对在孵企业培育的全过程。要强化对孵化企业的知识产权保护方面的服务，包括知识产权培训、咨询、管理和保护等方面；指导企业加强知识产权管理制度建设，防止知识产权流失和被盗用；引导在孵企业遵守知识产权法律法规，尊重他人的知识产权。在孵化企业毕业、兼并、产权转让、上市等过程中，要强化知识产权的价值。帮助在孵企业熟悉知识产权国际保护、国内保护的基本规范和运用知识产权战略去应对市场竞争。

二、在与入孵企业双方签订孵化协议中，可以采用明确约定项目中专利权等与科技有关的知识产权产出的具体目标和任务。依据协议，孵化器对项目执行中的与科技有关的知识产权情况进行监督，对在孵企业的知识产权工作进行定期评价，并加强统计分析。

三、在专利方面，孵化器应帮助企业选择适当时机申请专利，并决定是否申请国际专利，要制订并实施专利控制、外围保护、专利收买、专利转让等战略。在技术秘密方面，要协助企业采取一切手段防止泄密，及时与研发人员签订保密协议，及时知识产权行政管理部门申请登记。

四、在孵企业毕业时，若获得政府知识产权项目资助，应当向孵化器提交项目完成后形成的专利等与科技有关的知识产权清单，以及专利申请、审查、授权等法律文件，对未完成入孵时孵化协议中签订的知识产权目标和任务的被孵企业不予验收。

五、为企业提供知识产权保护服务，帮助其增强保护知识产权的能力。如免费建立专利数据库并提供专利文献利用服务、资助专利申请费、加大专利行政执法力度，打击假冒和冒充专利的违法行为等。

六、尝试在孵化器内建立知识产权托管制度，引入优秀的知识产权中介机构为入孵的中小企业提供专利、商标申请、维护、转让等知识产权多方位的服务。一方面解决企业的知识产权方面的需求，有利于增强企业的核心竞争力，另一方面也丰富了孵化器的服务功能。

七、建立产权交易公共平台。在创业创新过程中，融资是中小高科技企业成长中的永恒主题。孵化器建立产权交易公共平台与国内外创投机构建立了长期战略联盟和合作关系，帮助国内优秀企业向海内外创投机构获取直接融资或知识产权质押融资，为推动中国风险投资和高科技产业的发展而积极努力。

    伴随着社会知识产权保护意识的增强，科技企业孵化器在孵企业在知识产权保护方面有了更新的认识，知识产权保护意识明显高于一般企业。截止2005年，在孵企业申请专利17128项，其中发明专利6222项；已授权的专利10809 项，其中授权发明专利3962项。