上海市政府及市科委非常重视孵化器的发展，形成了“市区联动”“多方合作”的局面，并从体制上予以保障，建立了上海市科技企业孵化器指导委员会、上海市科技企业孵化协会和市区联动共建孵化器等三层保障体系。从政策上，采取了两个方面的扶持：一是专项资金扶持。在2005年以前，上海市科委每年直接财政投入1000万，给到创业中心作为孵化器建设引导资金，以投资入股、合资筹建等形式，总计参与20家孵化器的建设和管理，累计投入资金超过1.5个亿元，最突出的例子是市创业中心占上海杨浦创业中心55%的股份，使杨浦创业中心从6千平米发展到6万平米。2005年开始，市科委在顺利完成全市创业中心布局后，由创业中心协助市科委高新处，向各创业中心发放每年1500万元的孵化专项资金，包括创业项目补贴、专业平台和提升孵化服务功能。同时，上海市专门制订了《上海市科技“孵化”专项资金管理（试行）办法》；二是根据各区特点实施税收优惠。根据孵化器促进创业创新的能力，各孵化器还向本区政府争取到在孵企业的地方税收部分100%，返还给孵化器，再按一定比例返给孵化企业。杨浦创业中心的税收返还已经从2004年的300万增长到今年预计超过3000万。