自2001年起，作为上海市科委直属事业单位和上海市科技企业孵化器协会依托单位，上海市科技创业中心每年选择2～3家合作单位，合资成立运营主体，由市、区及参与单位按1：1：1的比例投入，由市创业中心代表市政府和市科委分别投入上海其他孵化器基地建设项目，并由创业中心派出1-5名干部参与管理，指导孵化器建设，形成了覆盖上海全市的孵化服务体系，形成了孵化器的多元化投资格局；并在各区都成立了创业中心及运营管理公司，实行两块牌子一套人马的运作方式，市区互动，推动各区创业服务中心的发展。
作为浙江省第一家创业中心，杭州高新区创业中心最近采取了“以管理输出、品牌输出”和“盘活闲置资源、优化配置资源”的方式，在江南西兴与当地区政府设立了占地140亩，总建筑面积15万平米的“杭州高新区科技创业创业服务中心万轮孵化基地”。苏州高新区创业中心常驻316家科技企业，在毕业园中4家高科技企业成功在海外上市。